Le village d'enfants SOS de Cuzco, le sixième au Pérou, est situé dans la ville du même nom, qui fut autrefois la capitale du légendaire empire inca. Cuzco se trouve à 3399 m d'altitude dans les Andes péruviennes et compte 750 000 habitants. Le village d'enfants SOS de Cuzco, à 2 km du centre ville dans l'arrondissement de Santiago et se compose de douze maisons familiales, où près de 108 enfants trouvent un nouveau foyer, de la maison du directeur du village, de la maison des tantes SOS (des mères SOS en formation ou des assistantes familiales, qui aident les mères SOS dans les tâches quotidiennes ou les remplacent en cas de maladie ou pendant les vacances), d'une maison communautaire, dans laquelle on a aménagé des bureaux et une salle des fêtes, et d'une zone administrative et de services. On y trouve également deux terrains de sport.
Pour les jeunes des villages d'enfants SOS, deux foyers de jeunes SOS ont ouvert leurs portes en 1999. Ce sont différents appartements que les 20 jeunes se partagent. Les jeunes généralement les village d'enfants SOS pour les foyers de jeunes SOS quand ils débutent une formation professionnelle ou des études secondaires. Avec le soutien d'éducateurs, ils développent de réelles chances pour leur avenir, en apprenant à prendre leurs propres décisions et à devenir responsables. Leur esprit d'équipe est encouragé ainsi que leur adaptabilité à créer des liens avec leurs familles ou des amis ainsi qu'avec les autorités compétentes et d'éventuels employeurs.
Le centre social SOS, ouvert en 2003, est fréquenté par les populations voisines et offre des programmes spécialement adaptés. Le but principal est de faciliter la vie des familles et de les empêcher ainsi d'abandonner les enfants. Le centre social SOS fait office de garderie où près de 120 enfants préscolaires peuvent être pris en charge, ce qui donne la possibilité aux mères, la plupart du temps célibataires, d'aller travailler et de subvenir aux besoins de leurs enfants.